Meriliikenteen ohjaus tarjoaa kauppamerenkululle ja muulle vesiliikenteelle alusliikenne- ja radionavigaatiopalveluita. Alusliikennepalveluista merkittävimmät ovat VTS ja GOFREP. VTS eli Vessel Traffic Service tarkoittaa alusliikennepalvelua, jonka tarkoituksena on parantaa merenkulun turvallisuutta, edistää alusliikenteen sujuvuutta ja tehokkuutta sekä ennaltaehkäistä onnettomuuksia ja niistä mahdollisesti syntyviä ympäristöhaittoja. Suomessa toimii tällä hetkellä viisi VTS-keskusta: Helsingissä, Nauvossa, Porissa, Vaasassa ja Lappeenrannassa. Niiden valvonta-alueet kattavat kaikki rannikon kauppamerenkulun väylät sekä Saimaan syväväylän.

Suomenlahden alusliikenteen pakollinen ilmoittautumisjärjestelmä (GOFREP) kattaa kansainvälisen merialueen Suomenlahdella ja sitä valvovat Suomi, Viro ja Venäjä yhteistyössä.Vesillä liikkujien tueksi ja turvaksi Liikennevirasto tarjoaa paikannus-, navigointi-, ohjaus- ja tiedotusjärjestelmiä. Satelliittinavigointia (DGPS) tukemaan virasto tarjoaa kansainvälisten standardien mukaisen DGNSS-palvelun. DGPS-järjestelmän tärkeimpiä sovelluksia tavallisen navigaation lisäksi on alusten automaattinen tunnistusjärjestelmä AIS.